Su estilo juvenil causó escándalo, al alejarse del Academicismo derivado de Ingres a favor de un estilo más naturalista o verosímil, inspirado en Caravaggio y José de Ribera. Su manera de tratar los temas bíblicos causó rechazo, pues (de forma similar a los tenebristas) representaba a los personajes sacros como gente de la calle, de aspecto rústico y en ocasiones desagradable.
Posteriormente, en coincidiencia con la hispanofilia y la admiración por Goya impulsada por Manet y otros maestros, Bonnat cobró estimación como retratista. Representó a la elite política y empresarial bajo estética velazqueña, ante fondos oscuros sin ornamentación pero dentro de una corrección formal. Sus retratos se hicieron populares en Estados Unidos y el éxito comercial le llevó a una producción final repetitiva, que no evolucionó ante el impacto de Toulouse-Lautrec y el Modernismo.
Tuvo muchísimos alumnos ilustres, como Toulouse-Lautrec, Georges Braque, James Ensor y Edvard Munch, pero perdió vigencia en sus últimos años y es un autor mal conocido ahora, al menos si se le compara con los impresionistas.
Amasó una cuantiosa fortuna, que dedicó a la compra de pinturas y dibujos antiguos. En 1891 decidió donarlos a la ciudad de Bayona (Francia), lo que ayudó a impulsar el museo local, llamado Museo Bonnat.
