El papa Joan XII va necessitar l'ajut d'Otó I el Gran, que va entrar triomfant a Roma. A la Basílica de Sant Pere, el papa va restablir la dignitat imperial coronant a Otó com a emperador del Sacre Imperi Romà Germànic el 2 de febrer del 962. Otó per la seva banda va ratificar la potestat de l'Església sobre els Estats Pontificis.
La Itàlia meridional mai no va formar part dels Estats Pontificis però si que va ser-ne estat vassall durant el període de domini normand. En 1059, mitjançant el concordat de Melfi, el Papa Nicolau II va atorgar a Ricard d'Aversa la investidura del principat de Càpua, i a Robert Guiscard la del ducat d'Apulia i de Calàbria, així com la promesa futura de la senyoria de Sicília. Com a compensació per la unció papal amb la qual es van veure dignificats, es van comprometre a retre vassallatge al Papa en tot moment. Robert Guiscard va mostrar-se inexorable en les seves conquestes i en pocs anys va ocupar Sicília, expulsant els musulmans de Palerm, Messina, Bari, Brindisi i Salern. Quan el 1080 Gregori VII va necessitar ajuda militar normanda, li va atorgar el beneplàcit apostòlic a les conquestes a canvi de la declaració formal de vassallatge cap a la Santa Seu en tots els territoris que guanyés.
A les acaballes del pontificat d'Innocenci II, cap al 1143, coincidint amb un moviment reivindicatiu municipal que s'estenia per les ciutats italianes, el Senat Romà va aconseguir quedar-se bona part del poder civil dels papes. El successor d'Innocenci, Luci II va intentar restablir per les armes l'ordre anterior i va atacar el Capitoli al front d'un exèrcit, però el Senat i el poble, capitanejat per Arnaldo de Brescia van derrotar severament al Papa. Sota el seu liderat es va demanar al Papa i als clergues que es desposseïssin del poder temporal. Roma es va apartar de l'obediència civil al papa i va proclamar la República.
Frederic I Barbaroja va tornar al papa Adrià IV el govern dels Estats Pontificis, amb el desig de ser coronat emperador. Va entrar a Roma el 1155 i va capturar i executar Arnaldo de Brescia. No obstant el propi Frederic, amb la seva política expansionista seria qui més tard posaria en perill les possessions papals.
Innocenci III va donar un impuls decisiu en la consolidació i engrandiment dels Estats Pontificis. Va sotmetre l'estament municipal romà definitivament i va privar de poders el Senat de la ciutat. Va recuperar el domini sobre els territoris que l'emperador havia deixat sota mandataris alemanys, expulsant-los de Romanya, Ancona i Spoleto. Per excomunió es va quedar els territoris en litigi que havien constituït les possessions de la comtessa Matilde de Toscana i que presumptament havia deixat a la Santa Seu en herència. Però que romanien sota poder dels vassalls romans de l'emperador. D'aquesta manera va obtenir la sobirania d'algunes ciutats de la Toscana i el nord d'Itàlia es va poder desempallegar del domini germànic.
Amb la croada realitzada contra els càtars a Occitània, va aconseguir que Ramon VI de Tolosa li cedís set castells a la Provença que es van incorporar al patrimoni de l'Església, fins que van ser bescanviats en un acord entre Gregori X i Felip III de França pel comtat de Venesino el 1274.
Coronació de Frederic I
