Noble família valenciana, probablement sortida de Borja (Aragó) i establerta a Xàtiva.Inicialment assolí fama universal en arribar Alfons de Borja al pontificat (Calixt III, 1456-1458); més tard hi arribà també Roderic de Borja (Alexandre VI, 1492-1503). Posteriorment Sant Francesc de Borja, primer marquès de Lombai, lloctinent de Catalunya, duc de Gandia, esdevingué tercer general del Companyia de Jesús (1565-1572).Com ha dit algun historiador, l’Europa dels Borja és el trànsit de l’edat mitjana a la moderna (l'hhumanisme renaixentista), la de l'inici de la creació dels estats europeus (Itàlia, Espanya, França i Alemanya) i d'un nou equilibri geocontinental (l'amenaça islàmica turca).
El nepotisme practicat per ambdós papes (no diferent de l’existent en diferents nivells a l’època i que no era motiu aleshores d’escàndol), el ressentiment de la Cúria romana (La Chiesa romana in mani dei catalani! esdevingué un tòpic i cal llegir-lo dins del marc de la política de la Corona d’Aragó a Itàlia, especialment des d’Alfons el Magnànim) i la vida immoral d’Alexandre VI (no diferent a la que portaven altres personatges eclesiàstics) envoltà la família d’una llegenda negra només parcialment certa.
El Diarium del seu mestre de cerimònies, Johannes Burckard (1445-1506), ha estat una de les principals fonts d’aquesta consideracióe la llegenda negra.D’Alexandre VI descendeixen les tres línies principals de la família: la dels ducs de Gandia, dividida en cinc branques; la dels ducs de Valentinès, originada en Cèsar Borja o Borgia i la dels prínceps de Squillace.Altres membres de la família varen tenir un destacat paper polític a Catalunya: Sant Francesc de Borja i Pere Lluís Galceran de Borja i Castre-Pinós foren lloctinents de Catalunya entre 1439-1442 i 1540-1587.
