Cot nació en Bédarieux, y estudió en primer lugar en l'Ecole des Beaux-Arts en Toulouse antes de mudarse a París. Estudió bajo la tutela de Leon Cogniet, Alexandre Cabanel y William-Adolphe Bouguereau. Durante la década de 1870, su popularidad comenzó a crecer con gran rapidez. En 1874 fue nombrado Chevallier de la Legión de Honor.
Creó varias obras que alcanzaron gran popularidad, incluyendo a Le Printemps, en la cual retrató a dos jóvenes amantes, y La Tempête. Ambas pinturas se encuentran en exhibición en el Museo Metropolitano de Arte de la Ciudad de Nueva York; La Tempête pertenece al museo mientras que Le Printemps es parte de una colección privada.
Cot también obtuvo reconocimiento por sus retratos, que consisten la mayor parte de su trabajo.
