Els hugonots van sofrir persecució des del començament de la Reforma Protestant, però el rei Francesc I de França (que va regnar de 1515 - 1547), els va protegir de les polítiques parlamentàries que s'havien planejat per a exterminar-los. Després de l'Afer de Placards de 1534, el rei va canviar d'opinió, i va permetre'n la persecució, que va ser feroç. El nombre d'hugonots, però, va créixer ràpidament entre 1555 i 1562, principalment entre els nobles i els habitants de les grans ciutats. Els opositors al moviment aleshores van anomenar "hugonots" als membres d'aquest moviment, però ells es van referir a si mateixos com a "reformats". El 1562 el nombre d'hugonots va arribar als dos milions, especialment al sud i centre del país. En aquest any es va proclamar l'Edicte d'Orleans, que declarava la fi de la persecució, però la tensió augmentava amb la violència als carrers.Les Guerres de Religió a França van començar amb la massacre a Vassy l'1 de març de 1562. Els hugonots es van transformar en un moviment polític, després d'això. Els predicadors protestants van agrupar un potent exèrcit, sota el lideratge de l'almirall Gaspard de Coligny. Enric III de Navarra i la Casa de Borbó es van aliar als hugonots, donant recursos al moviment, el qual va tenir 60 ciutats fortificades i va ser una amenaça seriosa per la corona catòlica i al poder de París.
Durant la Massacre del dia de Sant Bartomeu (24 d'agost de 1562), més de 70.000 hugonots van ser assassinats. Es va signar l'amnistia el 1573, però l'any següent va començar una altra guerra que va acabar quan Enric III de Navarra, llavors rei de França, es va convertir al catolicisme, i va proclamar l'Edicte de Nantes, el qual donava igualtat de drets als protestants i als catòlics, per bé que declarava el catolicisme com a religió oficial de l'estat i en protegia llurs interessos atès que prohibia la fundació de noves esglésies protestants en àrees controlades per catòlics.
